Unter dem Vorsteher Pfarrer Otto Dettmering (1897-1912), später Generalsuperintendent in Kassel, wurde die Diakonissenanstalt zu Frankfurt a. M. am 1.1.1911 zu einer landes-kirchlichen Anstaltsgemeinde erhoben. Zu ihr gehören die Diakonissen und die im Gelände wohnenden Mitarbeitenden mit ihren Familien (s. Gründungsurkunde). Seit 1916 besteht eine zweite Pfarrstelle, vor allem für die Seelsorge im Krankenhaus und im Altenheim und für den Unterricht in den Ausbildungsstätten. Beide Pfarrstellen wurden bis 1954 vom Diakonissenverein finanziert. 1954 hat die EKHN mit dem Frankfurter Diakonissenhaus einen Vertrag geschlossen, nachdem sie einen Zuschuss zur Besoldung der Pfarrer/innen in Höhe des Grundgehalts gab und die Altersversorgung übernahm.
Die Anstaltsgemeinde schloss sich dem Dekanat Dornbusch an. Die Pfarrer/innen und die entsandten Diakonissen hatten kein Stimmrecht in der Dekanatssynode, sie galten als Gäste. Die Anstaltsgemeinde gehört nicht zum Evangelischen Regionalverband Frankfurt.
In der NS-Zeit distanzierte sich das Frankfurter Diakonissenhaus von der Kirchenleitung der Deutschen Christen. Die beiden Diakonissenhauspfarrer Karl Chr. Hofmann und Karl Goebels und die Diakonissen schlossen sich der Bekennenden Kirche an, im Diakonissenhaus fanden Treffen der Bekennenden Kirche statt. Im Frankfurter Diakonissenhaus wurde der Arierparagraph nicht angewendet. Zwei Ärzte und ein Pfarrer, die nicht den Ariergesetzen entsprachen und deshalb ihren Beruf nicht ausüben durften, wurden beschäftigt, und einige junge Frauen, die keine Ausbildungsstätte besuchen konnten, weil sie nicht rein arisch waren, wurden in der Krankenpflegeschule und im Kindergärtnerinnenseminar aufgenommen. Prof. Heinrich von Mettenheim, der wegen der Rassengesetze als Leiter der Universitätskinderklinik und Professor der Universität entlassen wurde, blieb Mitglied des Vorstands. Die Forderung der Kirchenleitung, dass Mitglieder des Vorstands der NSDAP angehören sollten, wurde abgelehnt unter Verzicht auf Kirchenkollekten.
Nachdem im April 1945 die amerikanische Militärregierung das Gelände des Frankfurter Diakonissenhauses beschlagnahmt hatte, fanden die Diakonissen eine Unterkunft in der Villa Manskopf am Oberforsthaus in Frankfurt-Niederrad, wo sie unter beengten Verhältnissen wohnten und nach und nach ihre Arbeit an kranken und alten Menschen und an Kindern sowie die Ausbildung von Haushaltslehrlingen und Kindergärtnerinnen aufbauten. Dort kam im August 1945 der Reichsbruderrat der Bekennenden Kirche unter der Leitung von Landesbischof Dr. Wurm zusammen zur Vorbereitung der Kirchenkonferenz in Treysa, wo der Zusammenschluss der Landeskirchen als Evangelische Kirche in Deutschland EKD beschlossen wurde.
Nach der Freigabe des Geländes des Frankfurter Diakonissenhauses im Jahr 1955 wurde als Ersatz für die zerstörte Diakonissenkirche eine Werkstattbaracke des Militärs als Kapelle umgebaut. 1959 wurde die neue Diakonissenkirche eingeweiht; sie wurde 1988/89 umgestaltet.